Reprodutibilidade científica

Como fazer ciência reproduzível no R

Prof. Maurício Garcia de Camargo

Instituto de Oceanografia - FURG

2024-07-16

Resumo da aula de hoje



  • Momento 1: O R e eu! (depois vocês…)
  • Momento 2: Por que reprodutibilidade?
  • Momento 3: Conceitos básicos.
  • Momento 4: Elocubrações filosóficas (preview).
  • Momento 5: Instalação e atualização dos softwares.

Momento 1: O R e eu!

  • 1986-1990: Oceanólogo!
  • 1991-2000: Mestrados e doutorado. Início no programa Statistica!
  • 2001-2004: Início do docência no CEM… Tudo no Statistica!
  • 2004: Descoberta do R!
  • 2005: Início da docência no R.
  • 2006-2010: Divulgação massiva do R.
  • 2011: Criação do pacote GAD.
  • 2013: Criação do pacote rysgran.
  • 2014: Início da Criação do pacote permanovaR.


Agora vocês!

Momento 2: A descoberta da programação literária (Knuth).

  • 2012: Primeiro contato com RMarkdown (demonstrar).

  • 2013-2020: Uso intenso do RMarkdown (e divulgação).

  • 2022: Primeiro contato com Quarto.

  • 2023: Primeiro curso usando Quarto.

Momento 3: Conceitos básicos



- O que é Reprodutibilidade?

É a qualidade que torna algo passível de ser reproduzido (repetido) em todos os detalhes.



- O que é reprodutibilidade científica?

É a capacidade de um estudo científico ser reproduzido em todos os passos por outros cientistas para produzir os mesmos resultados. É um dos pilares do método científico, que diferencia o que é ciência do que não é ciência (pseudociência).

Momento 3: Etapas da reprodutibilidade


Momento 3: Por que tornar reproduzível?


Momento 4: Elocubrações filosóficas


- O que é ciência?

- O que é o método científico?

- Como evoluiu a ciência ao longo da história da humanidade?


A seguir …


  • Histórico do incremento do conhecimento humano
  • Desenvolvimento do método científico
  • Os pilares da ciência e os critérios de reprodutibilidade de Popper.

Momento 5. Ferramentas de reprodutibilidade:



  • Linguagens
    • R
    • Python
    • HTML
    • JavaScript (JS)
    • Markdown
  • Framework de reprodutibilidade
    • RMarkdown
    • Quarto
  • IDE
    • RStudio
    • VScode
  • Bibliotecas JS
    • revealjs
    • mermaid
  • Repositórios e versionamento
    • Github
    • Bitbucket

Momento 5: Instalações e atualizações de softwares



  • Instalações e atualizações
    • R (procurar por CRAN)
    • RStudio (rstudio.com)
    • Quarto (quarto.org)
    • Pacotes do RStudio (sob demanda)
  • Testar a criação de:
    • HTML
    • apresentação
    • PDF
    • DOC



Tutorial de integração entre RStudio e Github